汉明

说明

计算两条 DNA 链之间的汉明距离。

我们使用字母 C、A、G 和 T 来表示 DNA。 两条链可能看起来像这样：

GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
^ ^ ^  ^ ^    ^^

它们有 7 处不同，因此汉明距离是 7。

实现说明

汉明距离只对长度相同的序列有定义，所以在长度不同的序列之间计算它是行不通的。

Option 用来表示一个可能没有有用结果的计算 （例如因为错误或无效输入）。 如果你不熟悉Option，可以阅读这篇教程。 Option 是所谓的单子，它涵盖了一个“计算层面”的特性，在这里就是值可能不存在。 恰当使用单子可以写出非常简洁、优雅 且易读的代码。使用不当则很容易适得其反。 观看这个视频了解更多。

应该避免的常见坑

对于Option有几条经验法则：

1. 不需要就别用。与其写成

def add1(x: Int): Option[Int] = Some(x + 1)

不如写成

def add1(x: Int): Int = x + 1

（有Option.map可以对这类简单函数做映射， 所以不必用Option把它们弄得累赘）。 2. 如果并不真的需要，就不要“解包”。 通常有内置函数能实现你的目的。过早解包的迹象 是isDefined/isEmpty或模式匹配。与其写成

val x: Option[Int] = ...

if (x.isDefined) x.get + 1 else 0
// or
x match {
  case Some(n) => n + 1
  case None => 0
}

不如写成

x map (_ + 1) getOrElse 0

1. 单子可以用在 for 推导式里，效果拔群。 当你想“组合”多个Option实例时，建议这样做。与其写成

val xo: Option[Int] = ...
val yo: Option[Int] = ...
val zo: Option[Int] = ...

xo.flatMap(x =>
  yo.flatMap(y =>
    zo.map(z =>
	  x + y + z)))

不如写成

for {
  x <- xo
  y <- yo
  z <- zo
} yield x + y + z

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来源

Rosalind 上的 The Calculating Point Mutations 问题