Hamming

說明

計算兩股 DNA 之間的漢明距離。

DNA 是由 C、A、G、T 四個字母所組成。 兩股 DNA 可能長這樣：

GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
^ ^ ^  ^ ^    ^^

它們之間有 7 處不同，因此漢明距離是 7。

實作說明

漢明距離只定義在長度相同的序列上，所以試圖計算長度不同的兩段序列之間的漢明距離時，應該要失敗。

Option 用來表示一個可能沒有有用結果的運算（例如因為錯誤或無效的輸入）。

如果你不熟悉Option，可以閱讀這篇教學。

Option 是所謂的 Monad，它涵蓋了一種「運算層面」，在這裡指的是值可能不存在。

妥善使用 Monad 可以寫出非常簡潔、優雅又好讀的程式碼。使用不當則很容易得到相反的結果。

想了解更多，可以觀看這段影片。

應該避免的常見陷阱

Option 有幾條經驗法則：

1. 不需要就不要用。與其寫

def add1(x: Int): Option[Int] = Some(x + 1)

不如寫成

def add1(x: Int): Int = x + 1

（有Option.map可以套用這類簡單的函式，所以不必用Option把它們弄得複雜）。

1. 如果不是真的需要，就不要「unwrap」。通常都有現成的內建函式可以達到你的目的。過早 unwrap 的跡象是isDefined/isEmpty或模式比對。與其寫

val x: Option[Int] = ...

if (x.isDefined) x.get + 1 else 0
// or
x match {
  case Some(n) => n + 1
  case None => 0
}

不如寫成

x map (_ + 1) getOrElse 0

1. Monad 可以搭配 for-comprehension 來用，超讚。當你想「組合」多個Option實例時，建議這樣做。與其寫

val xo: Option[Int] = ...
val yo: Option[Int] = ...
val zo: Option[Int] = ...

xo.flatMap(x =>
  yo.flatMap(y =>
    zo.map(z =>
	  x + y + z)))

不如寫成

for {
  x <- xo
  y <- yo
  z <- zo
} yield x + y + z

---

出處

Rosalind 上的 Calculating Point Mutations 問題