Hamming

Anleitung

Berechne die Hamming-Distanz zwischen zwei DNA-Strängen.

Dein Körper besteht aus Zellen, die DNA enthalten. Diese Zellen nutzen sich regelmäßig ab und müssen ersetzt werden, indem sie sich in Tochterzellen teilen. Tatsächlich erlebt der durchschnittliche menschliche Körper im Laufe eines Lebens etwa 10 Billiarden Zellteilungen!

Wenn sich Zellen teilen, wird auch ihre DNA kopiert. Manchmal passieren bei diesem Vorgang Fehler und einzelne DNA-Abschnitte werden mit falscher Information kodiert. Wenn wir zwei DNA-Stränge vergleichen und die Unterschiede zwischen ihnen zählen, können wir sehen, wie viele Fehler aufgetreten sind. Das nennt man die „Hamming-Distanz“.

Wir lesen DNA mithilfe der Buchstaben C, A, G und T. Zwei Stränge könnten so aussehen:

GAGCCTACTAACGGGAT
CATCGTAATGACGGCCT
^ ^ ^  ^ ^    ^^

Sie haben 7 Unterschiede, und daher ist die Hamming-Distanz 7.

Die Hamming-Distanz ist in der Wissenschaft für viele Dinge nützlich, nicht nur in der Biologie. Es ist also ein guter Begriff, den man kennen sollte :)

Hinweise zur Implementierung

Die Hamming-Distanz ist nur für Sequenzen gleicher Länge definiert, daher sollte ein Versuch, sie zwischen Sequenzen unterschiedlicher Länge zu berechnen, nicht funktionieren.

Hinweis

In Smalltalk sind Exceptions Instanzen von Unterklassen von Exception. Du kannst zwar eigene für deinen Anwendungsbereich erstellen, aber wenn du dir diese Hierarchie ansiehst, kannst du etwas Passendes auswählen, um deine Lösung zu vereinfachen.

---

Quelle

Die Aufgabe Calculating Point Mutations bei Rosalind